La Facultad de Medicina en Santa Marta de la Universidad Cooperativa de Colombia fue la primera en el Departamento del Magdalena. La idea surgió del doctor Cesar Pérez García rector nacional de la Universidad Cooperativa de Colombia, quien en el año de 1993 reunió al Consejo Superior y después de tomar en consideración la propuesta y discutirla aprobó su creación mediante el Acta 14 del 15 de septiembre de 1993 registrado en el ICFES con le código 44111, siendo liderada en su inicio por el doctor Omar Vargas Vargas, y luego por el doctor Eduardo Angulo Mestre.
En agosto de 1995 el ICFES realizó la primera visita de reconocimiento y verificación para otorgar la Licencia de Funcionamiento, siendo así como en el primer semestre de 1996 se inició con el Ciclo Básico del Plan de estudios informado al ICFES en 1995, bajo la orientación del doctor Juan L. Olivella Jacquin en condición de Decano de Medicina de la Sede de Santa Marta.
En el 2009 le fue otorgado por el Ministerio de Educación Nacional el Registro Calificado por siete (7) años mediante la Resolución 9426 de 2009 con código SNIES 3529, siendo renovado el 21 de marzo de 2018 por el mismo periodo según resolución No. 04535 del Ministerio de Educación Nacional.