Programa que aprecia la calidad del Proyecto Institucional, puesto que permite estimar la variación en el desarrollo cognitivo de los estudiantes, entre el momento inicial y el momento final del proceso educativo. Establece el cambio de estado que muestran los estudiantes como consecuencia de las prácticas de aula y del currículo en sí; para tal fin compara los resultados de las Pruebas Saber Once y de las Pruebas Saber Pro de cada estudiante.

El concepto de valor agregado en la educación superior es reciente, para Daniel Bogoya, en uno de sus estudios, consiste en la variación global del resultado alcanzado en pruebas externas aplicadas a los estudiantes de un programa académico o un conjunto de programas, al iniciar sus estudios superiores (como línea de base) y al terminarlos (como condición o estado de salida), convirtiéndose en un indicador de avance relativo, que se aprecia frente al respectivo avance de los demás estudiantes o programas bajo consideración. Sobre ello, el experto precisa, "El término valor agregado se emplea extensamente para estimar el incremento de valor logr​ado sobre un producto, un bien o un servicio, debido a la transformación ocurrida durante un determinado proceso¨.

Es en este marco en el cual el Sistema Institucional de Evaluación de Competencias verifica el compromiso institucional de aportar al desarrollo de las competencias de los estudiantes, a partir de técnicas de valor académico agregado que consideran el progreso de nivel de desempeño, como resultado de la participación en las diversas actividades previstas a lo largo de un programa. Para ello la Vicerrectoría Académica lidera un equipo de trabajo que, orientado por el consultor Daniel Bogoya, lleva a cabo cuatro fases, según el estudio: primera fase: revisión del modelo de Valor Académico Agregado, definición de la metodología, de los alcances en función de los datos y del cronograma de trabajo; segunda fase: solicitud y descargue de bases datos de los entes oficiales e institucionales; tercera fase: aplicación del modelo de Valor Académico Agregado; y cuarta fase: Análisis e interpretación.